Pendirian SMK Muhammadiyah Balebo sudah ada perbincangan pada tahun 2013 oleh Muh Takdir kepala MTs Muhammadiyah Balebo. Namun, terkendala dengan SDM yang sangat terbatas. Pendirian SMK Muhammadiyah Balebo terus disuarakan oleh pimpinan pondok Pesantren Darul Arqam Muhammadiyah Balebo.
Akhirnya pada tahun 2023 pimpinan pondok dengan tekad yang kuat ditambah lagi dengan adanya salah satu mantan Kepala SMK Negeri 5 Luwu Utara yang sekarang Kepala Sekolah di SMAN 12 Luwu Utara oleh Bapak Ardhie Noer tentang bagaimana mekanisme pendirian SMK Muhammadiyah Balebo. Melalui rapat pimpinan pondok dengan suasana alot maka pimpinan pondok membulatkan tekad untuk mendirikan SMK Muhammadiyah Balebo.
Maka pada 14 Juni 2023 SMK Muhammadiyah Balebo resmi didirikan oleh pimpinan pondok pesantren Darul Arqam Muhammadiyah Balebo berdasarkan akte pendirian Majelis Pendidikan Dasar, Menengah dan Pendidikan Non Formal Pimpinan Pusat Muhammadiyah dengan nomor 1429/I.4/B/2023, pada tanggal 13 Juli 2023. SMK Muhammadiyah Balebo juga telah mendapatkan Nomor Induk Berusaha dengan nomor 1708230016703.
SMK Muhammadiyah Balebo juga telah mendapatkan surat Keputusan Pimpinan Pusat Muhammadiyah dengan nomor 526/KEP/I.0/B/2023 tentang pengesahan pendirian Amal Usaha Muhammadiyah SMK Muhammadiyah Balebo. SMK Muhammadiyah Balebo juga telah dilakukan verifikasi oleh Dinas Pendidikan Provnsi Sulawesi Selatan dan mendapat surat izin operasional dari Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu Provinsi Sulawesi Selatan dengan nomor : 120230903103.
Selanjutnya Sandi, S.Pd.I berdasarkan hasil Keputusan pimpinan pondok dan diperkuat dengan surat Keputusan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Sulawesi Selatan dengan nomor : 86/KEP/II.0/D/2023, diangkat menjadi Kepala SMK Muhammadiyah Balebo. SMK Muhammadiyah Balebo resmi beroperasi dengan terbitnya NPSN dengan nomor 70043806 dari Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia.